清关公司的收费是根据客户的需求和实际情况而定的，以便清关公司对费用进行准确的估算和收取，清关公司收费一般分为两部分，一是基本服务费，二是额外费用。
1. 基本服务费：基本服务费是清关公司提供的基本服务所收取的费用，包括代理报关、代理缴税、代理查验等。一般情况下，基本服务费的收费标准是按照货物的数量、种类、价值等因素来计算的，通常以货值的百分比为基础进行计算，比如货值的1%或2%等。
2. 额外费用：额外费用是指在清关过程中，因为特殊情况或客户需求而产生的额外费用，比如海关查验费、保险费、仓储费、运输费等。这些费用的收费标准也是根据实际情况而定，比如海关查验费就是根据货物的数量、种类、价值等因素来计算的。
客户可以通过与清关公司的沟通和协商，尽可能地降低额外费用的产生。