加工贸易手册是海关为了实现对加工贸易企业的保税加工全过程管理而推出的记录帐簿、凭证，加工贸易企业为了原材料保税进口/深加工结转以及复出口，而在海关办理的加工贸易进出口合同的登记备案（变更）、货物进出口报关申报及核销都需要用到加工贸易手册。
加工贸易是指经营企业进口全部或者部分原辅材料、零部件、元器件、包装物料，经过加工或者装配后，将制成品复出口的经营活动，包括来料加工和进料加工。
加工贸易手册申请设立条件：
1、加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司；
2、加工贸易易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；
3、经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记。
加工贸易手册申请设立所需材料
除另有规定外，经营企业办理加工贸易货物的手册设立，应当向海关如实申报贸易方式、单耗、进出口口岸，以及进口料件和出口成品的商品名称、商品编号、规格型号、价格和原产地等情况，并且提交下列单证：
- 主管部门签发的同意开展加工贸易业务的有效批准文件；
- 经营企业自身有加工能力的，应当提交主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》；
- 经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同、主管部门签发的加工企业《加工贸易加工企业生产能力证明》；
- 经营企业对外签订的合同；
- 海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
申请加工贸易手册设立资质要求：
根据《加工贸易审批管理暂行办法》（外经贸管发（1999）第314号）、中华人民共和国海关加工贸易货物监管办法》（海关总署令第219号）等国家有关法律法规的规定，经经营企业是否有权办理加工贸易业务，需向商务部门申请并取得《加工贸易企业经营状况和生产能力证明），商务部门是加工贸易业务主管职能部门。
海关是已经取得从事《加工贸易企业经营状况和生产能力证明》的经营单位进行加工贸易的手册设立和经营单位从事加工贸易的监管部门。因此所涉及的关于能否开展加工贸易业务的问题及具体办理事宜应向商务部门进行咨询。
去哪里申请加工贸易手册设立？
经营企业应当向加工企业所在地主管海关办理加工贸易货物的手册设立手续。
经营企业与加工企业不在同一直属海关管辖的区域范围的，应当按照海关对异地加工贸易的管理规定办理手册设立手续。